進口蛋爭議和風波持續，農業部長陳吉仲19日晚間八點宣布請辭，他也在臉書發長文，提到雨後的陽光灑落在農業部的紅磚牆上，不論歷經多少艱辛和不被理解的抹黑，總還是會再見到陽光。總統府發言人林聿禪表示，總統府尊重行政院陳院長及陳部長的決定。總統也要求行政團隊針對進口雞蛋專案議題，落實檢討精進，並持續向社會各界說明，以釐清疑慮，讓國人安心。

陳吉仲在臉書提到，面對國內雞蛋供應不足時，專案進口雞蛋確實是為了顧及所有消費者糧食安全，同時不影響國內蛋農生計，一個最佳的作法。很多人問我，為什麼不直接調降雞蛋關稅，讓業者自己進口雞蛋就好？因為就算調降關稅，也解決不了黑市價格猖獗的問題，業者進口後如果再用高於市價販售，最後對消費者和蛋農的傷害只會更深。

他再針對進口蛋爭議表示，專案進口雞蛋是對消費者和農民權衡之下最好的作法，才能讓消費者吃的到蛋、買的到合理價錢的蛋。也因為有庫存調節機制，不會讓進口雞蛋衝擊國內雞蛋供應市場，保障國內蛋農生計，所以農業部勇於承擔此政策。我特別要感謝當外界不斷抹黑、污衊時，仍一同捍衛此政策的所有好朋友們，讓我們可以將政策效益堅定的告訴社會大眾。

陳吉仲的請辭，總統府表示尊重，也強調為因應今年禽流感及國際原物料價格動盪，所造成的國內雞蛋產量供需失衡，行政部門啟動進口雞蛋專案，而後續也達到穩定供給、穩定物價、穩定蛋農生計等政策效益，但執行層面仍有不盡周延、可精進之處。因此，總統對此要求行政團隊應落實檢討精進，並備妥完整資料，向社會大眾及立法院進行完整說明，以化解各界疑慮，讓國人安心。