財團法人原住民族文化事業基金會副執行長聘任案爆出違法，基金會漠視內部意見引發工會反彈；《菱傳媒》追查發現，前執行長曾逕自幫任職原民台的妻子轉調職務、敘獎，被監察院認定違反《公職人員利益衝突迴避法》，裁罰13萬5千元；北市勞動局也曾兩度查獲原文會違反《勞基法》，未給付勞工加班費而開罰。
 
原文會前執行長石嘉量（Magaitan‧Lhkatafatu）曾遭人檢舉，其妻比恕伊・馬紹（Pisuy・Masaw）在他擔任執行長期間、2020年4月成功轉調原民台中部新聞中心代理召集人，緊接著在2021年4月21日、12月8日石嘉量主持原文會主管會報審議員工敘獎案，比恕伊・馬紹也在敘獎名單之列，石嘉量均未依《公職人員利益衝突迴避法》迴避。

監察院今年3月31日對3案裁罰共13萬5千元後，石嘉量不服提訴願，監察院今年5月做出訴願決定書，認為原處分用法並無違法或不當，駁回石嘉量訴願，維持原處分。

此外，監察院2019年2月14日公布調查報告，認為原文會下轄的原民台以「假承攬真僱傭」方式及自創「趴班人員」長期剝削員工勞動權益。調查報告指出，承攬人員的工作內容與正職無異，但薪資與正職人員相比卻短少約12萬元，且無法適用《勞動基準法》，「得面臨勞保費、健保費、勞工退休金、端午中秋兩節獎金、年終獎金、考績獎金、特別休假、加班費、法定休假等什麼都沒有的境遇，勞工福利確有減損。」
 
調查報告指，原文會從2014年起逐年遞增勞務承攬員工，至2018年6月底已達71人，約為全部員工250人的3成，其中勞務承攬員工中高達8成為原住民。
 
調查指出，原民台隸屬原文會，是原住民委員會監督、編列預算捐助成立；原文會以「承攬之名行僱傭之實」，規避勞動法令、行事草率，而原民會長期疏於管理，放任原文會違反勞動法令，長期剝削員工，未盡監督之責，漠視原住民族就業權益保障，嚴重損害政府形象，有嚴重怠失，監察院因此提案糾正原民會有疏於管理，放任違法之嫌。

另外，原文會2019年7月間也曾因違反《勞動基準法》規定，延長勞工工作時間未依規定加給工資、未依法給付休息日工作之工資等，被北市勞動局開罰42萬元，2021年9月間再因延長勞工工作時間卻未依規定加給工資，二度被開罰10萬元。